Giovanni ANTONIO FACCHINETTI de Nuce, di famiglia veronese, nacque a Bologna il 20 luglio 1519. Si laureò in Giurisprudenza a Bologna nel 1544 e, nello stesso anno, fu ordinato prete. Fu Abate Commendatario e Canonico presso diverse diocesi; dal 1556 al 1558 lo troviamo a Parma in qualità di Governatore della città. Già segretario del cardinale Alessandro Farnese, diventò, dal 1558, Abbreviatore delle Lettere Apostoliche e, dal 1559, Referendario delle Segnature Apostoliche.

Nel 1560 fu nominato vescovo di Nicastro; rinunziò al governo della diocesi per motivi di salute nel 1575. Partecipò ai lavori del Concilio di Trento e alla costituzione della Lega Santa contro i turchi (1571); dal 1566 al 1572 lo troviamo Nunzio Apostolico a Venezia.

Consultore del Santo Uffizio nel 1575, nello stesso anno è nominato Patriarca Titolare di Gerusalemme. Nel 1583 è elevato al cardinalato; nel 1586 è Inquisitore Generale del Santo Uffizio.
Fu il più attivo collaboratore di Gregorio XIV; alla morte di quest'ultimo, avvenuta il 16 ottobre 1591, il cardinale Facchinetti ascese al soglio pontificio, dopo nemmeno due settimane di conclave, il 29 ottobre, grazie al sostegno dei cardinali Legati della Spagna, scegliendo il nome di INNOCENZO IX.
Appena eletto papa, ricambiò il favore alla Spagna mostrandosi favorevole alla sua politica antifrancese, contro Enrico di Navarra. Ma non potè fare moltissimo, perchè gravemente ammalato, trascorse il suo pontificato a letto; per questo fu detto 'pontifex clinicus'.
Suddivise la Segreteria di Stato vaticana in tre sezioni: Francia e Polonia, Italia e Spagna, Germania. Riuscì a curare l'edilizia e la sicurezza di Roma. Scrisse 'De recta gubernandi ratione' sulla Politica di Aristotele e 'Adversus Macchiavellum', una sorta di Antimachiavelli; entrambi opere rimaste inedite.
Si spense il 30 dicembre 1591, dopo soli due mesi di pontificato.