Nato a Roma Bonifacio VI subentrò al suo predecessore l' 11 aprile 896, nonostante in passato ( durante il papato di Giovanni VIII) fosse stato scomunicato per ben due volte sia nella carica di suddiacono che quella di sacerdote. Prima di diventare papa assunse anche la carica di cardinale anche se non vi è notizia della sua diocesi che fu fatta risalire a quella di Porto, ovvero la stessa di Formoso.
La caduta dei carolongi scatenò il caos più totale in tutta la penisola italica, non esclusi i territori vaticani. Le razzie ed la forza militare si sostituirono all'ordine costituito ingenerando ogni forma di degrado morale e materiale nel quale fu certamente coinvolto anche il clero organizzato.

Il pontificato di Bonifacio VI durò comunque solo 15 giorni perchè il 26 aprile dello stesso anno morì. Della sua morte, così come della sua vita non rimase granchè , ufficialmente si spense per un attacco mortale di podagra (vulgo = gota), appositamente eletto già in condizioni di salute molto gravi per lasciare il posto ad altri, ma la leggenda vuole sia stato assassinato da fazioni politicamente contrapposte a quelle spoletane delle quali, per tutta la vita ne era stato fervido sostenitore. Così come rimase un mistero il luogo della sepoltura. In effetti qualche anno dopo, esattamente durante il concilio di Roma dell' 898 tenuto da Giovanni IX, l' elezione di Bonifacio VI fu dichiarata nulla.