Romano di nascita, già cardinale di San Callisto (nda: probabilmente del sito catacombale perchè non risulta esservi stata diocesi).
Fu consacrato il 29 settembre dopo una travagliatissima vicissitudine perchè, diversamente dai suoi predecessori, Benedetto III scelse la strada della conferma imperiale che ricercò inviando due legati presso la corte di Ludovico II.
Gli incaricati furono Nicola vescovo di Ananagni e Mercurio magister militum e recarono con loro il decreto dell'avvenuta elezione del pontefice.
Ma appena fuori Roma, ad Orte i due incontrarono il vescovo di Gubbio Arsenio il quale intrapprese il viaggio di ritorno in loro compagnia convincendoli, strada facendo, di perorare la causa del proprio nipote Anastasio rifugiato ad Aquileia, cardinale già deposto da San Leone IV, con la scusa che egli era comunque ben introdotto presso la casa imperiale.
I due legati si presentarono all'imperatore, consegnarono il protocollo contenente l'elezione di Benedetto III ma perorarono la causa di Anastasio.
Ludovico II insoddisfatto del comportamento dei due legati, poco dopo la partenza di questi ultimi, decise di inviare a Roma i conti Bernardo ed Adalberto per sincerarsi di come fossero avvenute le elezioni papali.
Nuovamente ad Orte si rincontrarono i due conti, i due legati, Anastasio e suo zio Arsenio, nonchè i vescovi Ronaldo, di Porto ed Agatone, di Todi a loro volta in viaggio verso Roma.
Il conciliabolo non pensò di meglio che eleggere pontefice Anastasio e di dirigersi verso l' urbe. Nel frattempo il pontefice inviò il secondicerio Adriano, il capitano dell'esercito Graziano ed il duca Gregorio quali messaggeri per ricevere gli inviati imperiali. A cinque miglia dalla città, presso la basilica di San Leucio i due gruppi si incontrarono. I messaggeri pontificali furono presi prigionieri e trascinati attraverso i Prati Neroniani fino al palazzo in Laterano.
Il 21 settembre 855 Anastasio entrò a San Pietro, preso dall'ira fece a brandelli le tele dov'erano impresse le sentenze dei due concili tenuti da San Leone IV, tra le quali quella dov'era iscritta la sua scomunica e danneggiando le immagini di Cristo e della Madonna.
Anastasio si spostò poi in Laterano dove ad attenderlo vi era Benedetto III seduto sul soglio, attorniato dal clero a lui fedele. Una milizia armata del vescovo di Bagnorea, aggregatosi ad Anastasio tolse di peso il pontefice dal proprio trono, gli strappò il pallio e lo affidò ad altri due cardinali scomunicati dal suo predecessore.
Il 25 settembre 855 il popolo venuto a conoscenza degli scempi e dell' usurpazione fatta da Anastasio scese in piazza, i messi imperiali convocarono impensieriti dalla situazione, e quello stesso giorno convocarono un'assemblea generale.
L'assemblea popolare capitanata dai vescovi di Ostia ed Albano dichiarò che Benedetto III era stato eletto secondo i dettami del diritto canonico.
Gli inviati imperiali non poterono far altro che prendere atto della situazione, liberare Benedetto III, allontanare Anastasio e, con "mille scuse" portarlo in processione sul cavallo di Leone IV fino alla cattedrale di Santa Maria Maggiore in transtevere.
Le "mille scuse" furono ben gradite ma per contro il pontefice dovette riammettere Anastasio nel clero e guarda caso fu proclamato abate del monastero di Santa Maria Maggiore in Transtevere, mentre per gli altri congiuri il non luogo a procedere.
Ma come spesso accade la sorte non giovò a Ludovico II, imperatore in pectore ed effettivo imperatore per un solo giorno, infatti il padre Lotario, ritiratosi a vita monastica nel convento di Prum, presso Treviri morì il 28 settembre 855 lasciando il lascito testamentario della suddivisione dell'impero tra i figli: a Ludovico II l' Italia, a Lotario II le terre del Nord chiamate successivamente Lotaringia e a Carlo la Provenza.
Benedetto III papa semplice ed umile, probabilmente già in avanti con gli anni non si rese conto dello schiaffo morale inferto al potere imperiale e pertanto non se ne seppe giovare, nè per se nè per la comunità romana.

Il pontefice spirò il 17 aprile 858 e fu sepolto davanti le porte della basilica di San Pietro.