Le diarchie e le trame di palazzo avevano ormai pervaso anche la Chiesa oltre a tutte le altre realtà economico-politiche. Dopo la morte di Pasquale I si aprì di fatto una crisi senza precedenti tra i sostenitori di Sisinnio o Zizimo fortemente acclamato dal clero e dal popolo cristiano e quelli che vollero sostenere la candidatura del "cardinale" rettore di Santa Sabina in Aventino, sin dall' anno 816, ovvero Eugenio Savelli.
La candidatura di sua "Eminenza" Eugenio fu dichiaratamente sostenuta dalla nobiltà filo imperiale capitanata da Wala consigliere diretto di Lotario.

Con il nome di Eugenio II il pontefice fu eletto nel maggio del 824 o forse, addirittura, il 5 giugno 825.

Lotario arrivò a Roma da Aquisgrana nell'autunno del 824 accompagnato da un vero e proprio esercito, con la missione di dirimere lo scisma in atto e di riappacificare le popolazioni.
La missione riuscì perfettamente perchè da buon diplomatico riuscì a comprendere gli abusi precedentemente fatti cosicchè, agli eredi dei perseguitati sostenitori di Leone III e di Pasquale I sostenitori furono restituiti tutti i beni precedentemente confiscati, con buona pace di tutta la cittadinanza.
E, il giorno 11 novembre dello stesso anno fu promulgata la "Costitutio Lotharii", impostata su nove articoli tra i quali l'inviolabilità dei diritti di quei cittadini posti sotto tutela dell' impero o dello Stato Pontificio e soprattutto la riamissione all'elezione papale di "cittadini laici", nonchè il gradimento imperiale all'elezione stessa.
Vennero così ristabiliti i confini tra le pertinenze temporali e quelle religiose ed ecclesiastiche.

Ma se con Lotario, in occidente le cose si misero per il verso giusto, in oriente si riaprì una nuovamente la piaga dell' iconoclastia ( abiura della rappresentazione di immagini sacre o semplicemente immagini), attraverso l'imperatore Michele II "il balbuziente" .
Le controversie si estero sino ad indurre Eugenio II ad un' ulteriore convocazione conciliare, avvenuta nel 826 a Roma in Laterano alla presenza di 62 vescovi. Il concilio si arenò su questioni totalmente diverse e più attinenti alla moralità dei vescovi che non al vero e proprio principio per il quale fu convocato, anche perchè sull'argomento dell'iconoclastia già dal concilio di Nicea del 787 si espresse Carlomagno e dal punto di vista imperiale nulla era cambiato.
In effetti quel concilio, al di la della moralizzazione ecclesiale, fu utilizzato dal pontefice per poter far riappropriare la Chiesa delle proprie anime sparse sul territorio, attraverso la scolarizzazione delle genti, per le quali fu sancito il diritto allo studio delle sacre scritture e delle belle arti.
La leggenda vuole che ad egli sia stata attribuita la cosidetta "prova dell'acqua fredda", la quale consisteva nel gettare in una fonte d'acqua gelida, preventivamente "benedetta", gli indagati o indagate.La prova di innocenza a tale supplizio veniva considerata superata quando gli inquisiti andavano a fondo, mentre rappresentava prova di colpevolezza qualora questi riuscissero a mantenersi a galla... con il semplice ed ineluttabile conseguenza che in ambo i casi si perdeva la vita!
Eugenio II si spense nell'agosto del 827 e presumibilmente fu sepolto nel sagrato di San Pietro.

A Venezia dal 827 al 829 governò il doge Giustiniano Partecipazio, mentre l'Islam iniziò a mettere piede in Italia con lo sbarco a Mazara, la battaglia di Corleone e l'assedio pluriennale di Siracusa, fino a giungere al''occupazione di Agrigento del 828.