Non vi sono notizie delle sue origini, viene considerato romano perchè quando fu proclamato papa era l'abate del convento di Sant'Erasmo al Celio.
La sua nomina avvenne l' 11 aprile del 672 ed il suo pontificato fu uno dei più sereni anche se perdurò il distinguo tra Chiesa ravennate e quella romana.
Le uniche incerte notizie sono esclusivamenete rivolte a confermare la volontà papale di rendere autonomo il popolo veneziano che da questo pontefice sembra abbia ereditato la faccoltà di eleggere un proprio "dux" o doge, proprio per contrastare l'egemonia orientale a favore dei longobardi.
Adeodato II inoltre riuscì a restaurare ed impreziosire il suo ex convento, le cui rovine furono successivamente testimoniate fino al XVI secolo.
Adeodato II morì il 17 giugno del 676 e fu sepolto a San Pietro.