Figlio del goto Ugildo, romano di nascita fu consacrato al soglio di San Pietro il 26 novembre 579, dopo quattro mesi di vacatio .
Anche lui come il suo predecessore non ebbe l' imprimatur dell' imperatore d' oriente diversamente da come aveva stabilito Giustiniano attraverso i suoi editti.
L' assedio dei longobardi non stava dando tregua così come la carestia. Le poche milizie, assieme ad altre navi onerarie, inviate da Tiberio, non aveva servito a molto.
Con un gran contributo in oro, "Roma al di la del Tevere" riuscì però a far ritirare le truppe di Zotto, duca di Benevento, alleato di Autari, figlio di Clefi, ed a sua volta una sorta di re tribale dei longobardi, il quale non mancò comunque, durante la sua ritirata di distruggere e depredare il neonato monastero Benedettino di Montecassino.
Negli anni del suo pontificato, Pelagio II tentò una prima azione diplomatica con il popolo dei franchi , attraverso il vescovo di Auxerre, allora governato da un tetrarcato politribale con a capo Clotario I, Gontrano, Chilperico e Sigeberto, ma senza ottenere grossi risultati.

Tentò, in seconda battuta, di ricomporre lo scisma di Aquileia (nda: da sempre, molto più vicina alla Chiesa d' oriente che non a Roma), ma senza successo; infatti nonostante gli anatemi pontificali, il patriarca di Aquileia ovvero di Bisanzio, sotto l'egida del nuovo imperatore Maurizio si proclamò: "patriarca ecumenico". (Nda: se una traduzione si potesse dare... sarebbe l'equivalente di "papa" - Dopo lo scisma dei "Tre Capitoli", voluto dall'imperatore Giustiniano, sembra che la sede episcopale del patriarca di Bisanzio, sia stata volutamente spostata ad Aquileia per poter contrastare l'ormai quasi inesistente Roma. Dal punto di vista storico, Aquileia assieme a Grado e Altino, diedero successivamente vita a Venezia, proprio grazie alle mire dell'impero romano d'oriente ed alle successive invasioni di "mille" popoli provenienti dai quattro angoli di quel mondo fino ad allora ancora poco conosciuto ed alle contrapposizioni tra gli uni e gli altri.)

Gli ultimi colpi inferti ai cristiani di questo pontificato furono due sciagure naturali: lo straripamento del Tevere del 589 e la lues inguinaria dell'anno successivo (nda: peste bubbonica importata dalle navi annonarie provvenienti dall' Egitto).
Beato Pelagio II morì di pestilenza il 7 febbraio 590 e fu sepolto nel sagrato di San Pietro.
Viene ricordato nel giorno successivo la sua morte: l ' 8 di febbraio.